Chuyện kể rằng, khi ba người (Không Lộ, Giác Hải, Từ Đạo Hạnh) ngồi thuyền đến Thiên Trúc tìm thầy học Đạo, Từ Đạo Hạnh ở lại giữ thuyền, còn Giác Hải và Không Lộ lên bờ học phép. Sau khi học được phép thiêng, Giác Hải và Không Lộ đã bỏ về trước. Từ Đạo Hạnh ngồi giữ thuyền 3 ngày mà không thấy tin tức của 2 bạn đồng hành đâu, đúng lúc đó bỗng thấy một cụ già đi đến. Từ Đạo Hạnh vái chào rồi hỏi: “Cụ có thấy 2 người lên học đạo đó không? Cụ già nói: “Hai người đó đã học được phép thiêng của Ta và đã trở về nước rồi”.

Từ Đạo Hạnh bèn vái lậy và kể rõ cho bạ cụ biết mọi chuyện, cụ già nghe nói bèn sai Từ Đạo Hạnh gánh 2 thùng nước về nhà, rồi dạy cho mọi phép thiêng cùng phép rút đất chân truyền Đà-la-ni. Sau khi học xong phép thiêng, Từ Đạo Hạnh tự hiềm vì 2 người bạn đã thất ước, bèn đọc thần chú khiến 2 người bạn đang đi đường đau bụng quá phải ngồi nghỉ. Sau đó, Đạo Hạnh lại dùng phép rút đất vượt lên phía trước, rồi hóa thành một con hổ núp trong bụi rậm đợi Giác Hải và Không Lộ đi qua mới nhảy ra dọa. Sau đó, chính Đạo Hạnh đã nhờ Giác Hải và Không Lộ cứu mình tránh khỏi nghiệp chướng sau này.

Không Lộ lúc ấy mới nói với Từ Đạo Hạnh rằng: “Chúng tôi bây giờ đã lớn tuổi, xin trông cậy cả vào Minh Không”. Chính vì vậy, về sau này, khi sắp viên tịch, biết mình sẽ hóa thân làm con của Sùng Hiền Hầu, tức Lý Thần Tông sau này, Từ Đạo Hạnh mới cho gọi Minh Không đến mà dặn rằng: “Ta nay sắp xuất thế, ở cái địa vị làm thầy người ta, bệnh trái kiếp sau quyết là khó tránh nổi. Ta với người có duyên, nên cứu giúp nhau”. Nói xong, đưa cho Minh Không một gói thuốc đã được niệm chú dặn rằng: 20 năm sau, nếu nghe quốc vương bị bệnh thì lập tức đến chữa trị ngay. Như vậy có thể hiểu Nguyễn Minh Không là đệ tử của Không Lộ hoặc Từ Đạo Hạnh.

Dẫu Minh Không là bạn hay là học trò của Từ Đạo Hạnh, thì có một điều chắc chắn rằng, người chữa căn bệnh “hóa hổ” kỳ lạ của vua Lý Thần Tông chỉ có một mình Minh Không. Chuyện kể rằng, Từ Đạo Hạnh sau khi viên tịch đã đầu thai làm con của Sùng Hiền hầu, em ruột vua Lý Nhân Tông, được đặt tên là Dương Hoán. Khi Lý Nhân Tông qua đời, Dương Hoán được chọn làm con người kế vị, tức vua Lý Thần Tông.

Lên ngôi không được bao lâu, tháng 3 năm 1136 vua Lý Thần Tông bệnh nặng, lông lá mọc khắp cơ thể, gầm thét như hổ suốt ngày. Các danh y tài giỏi từ khắp nơi trong cả nước được mời đến chữa bệnh nhưng bệnh của vua không thuyên giảm. Triều đình phái sứ giả đi khắp nơi tìm người có thể chữa bệnh cho đức vua. Khi sứ giả đến vùng núi Tử Trầm, nơi Minh Không trụ trì, thấy trẻ con hát câu đồng dao: “Tập tầm vông, có Nguyễn Minh Không chữa được mình rồng thiên tử…” Sứ giả thấy lạ liền hỏi thăm và tìm được Nguyễn Minh Không, mời ông vào triều chữa bệnh cho vua.

Minh Không thấy sứ giả đến, trong thuyền có rất nhiều lính chèo thuyền, muốn dọn cơm chay cho ăn, bèn lấy một cái niêu nhỏ đem cho họ cùng ăn, bảo họ rằng: “Anh em đông quá sợ không đủ no bụng, tạm ăn vậy”. Thế mà bọn lính chèo thuyền hơn một trăm người cùng ăn cũng không sao hết được niêu cơm. Khi bọn lính ăn xong, Minh Không lại bảo: “Anh em hãy tạm ngủ say một lát nữa đợi nước triều lên ta hãy bắt đầu ra đi”. Bọn lính đồng ý, đều nằm ngủ say ở trên thuyền. Mới trong khoảnh khắc, thuyền đã trở về tới kinh đô, bọn lính bơi chèo tỉnh dậy đều lấy làm lạ, phục tài của thiền sư Minh Không.

Khi sư Minh Không đến, thấy nhiều pháp sư khác cũng đang ở trên điện làm phép chữa bệnh cho vua. Họ thấy Minh Không ăn mặc quê mùa nên khinh thường không thèm chào hỏi. Sư Minh Không thấy vậy, lấy từ trong túi một chiếc đinh lớn, dài hơn 5 tấc rồi đóng sâu vào cột, sau đó lên tiếng hỏi: "Ai có thể nhổ cái đinh đó ra thì hãy nói chuyện chữa bệnh". Minh Không nói thế ba lần nhưng chẳng vị pháp sư nào dám làm. Thấy vậy, Minh Không ung dung bước lại gần, lấy hai ngón tay trái, cầm vào rồi nhẹ nhàng rút ra. Mọi người chứng kiến đều khiếp phục sức mạnh phi thường của Minh Không nên nhường ông vào chữa bệnh cho vua.

Chuyện kể rằng, khi được đưa vào gặp vua Lý Thần Tông, Minh Không lớn tiếng hỏi: “Kẻ đại trượng phu được tôn lên ngôi thiên tử, giàu có khắp bốn bể, cớ sao còn phát bệnh cuồng loạn như vậy?” Vua nghe thấy vậy, rất run sợ, không dám kêu gầm nữa. Minh Không lại sai người lấy một vạc lớn đựng nước nấu sôi tới cả trăm lần. Minh Không dùng tay không quấy lên khoảng bốn lần, rồi tắm vua trong đó. Ngay sau đó, bệnh của vua đã bớt ngay. Ít lâu sau thì vua khỏi hẳn. Sau khi khỏi bệnh, cảm phục tài năng của Minh Không và cũng là để cảm tạ ơn cứu mạng của ông, vua Lý Thần Tông phong cho Minh Không là Quốc sư, được đổi từ họ Nguyễn sang họ Lý của vua, cấp cho nhà ở, ban lộc mấy trăm hộ và được miễn thuế má. Vì vậy, sau này người ta mới gọi sư Minh Không là Lý Quốc sư, ý chỉ vị Quốc sư họ Lý.

Không chỉ nổi tiếng vì đã chữa bệnh cho vua, thiền sư Minh Không còn là người có công xây dựng rất nhiều ngôi chùa trên nước Đại Việt. Sử chép rằng, sau khi tu hành đắc đạo, sư Minh Không trở về quê nhà ở Ninh Bình, dựng chùa Viên Quang, sau đó lại lập nhiều chùa ở Phả Lại (Bắc Ninh), Giao Thủy (Nam Định), Vũ Thư (Thái Bình)... để tu hành. Trong suốt cuộc đời, Nguyễn Minh Không đã dựng tới 500 ngôi chùa trên đất Đại Việt. Ông qua đời vào năm 1141, niên hiệu Thái Bình thứ 22, thọ 76 tuổi.

Sau Thiền Sư Nguyễn Minh Không được tôn làm một trong các vị Thánh Tứ Bất Tử của dân tộc ta. Cho đến khi Công Chúa Liễu Hạnh xuất hiện thì mới có sự thay đổi.